La Facultad de Medicina «San Fernando» de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (siglas: FMSF-UNMSM) es una de las veinte facultades que conforman la dicha universidad. La facultad, dentro de la organización de la universidad, forma parte del área de Ciencias de la Salud y cuenta con las Escuelas Profesionales de Medicina, Obstetricia, Enfermería, Tecnología Médica y Nutrición, que brindan tanto estudios de pregrado como de posgrado. Se encuentra ubicada fuera de la Ciudad Universitaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, en el local histórico de la Facultad de Medicina «San Fernando», localizado en la cuadra 7 de la Avenida Grau, en Lima.

Las primeras cátedras de estudios de medicina en la Universidad de San Marcos, acontecidas en el siglo XVI, son el origen directo de los estudios universitarios de medicina en el Perú. Las primeras cátedras de Prima y Vísperas de Medicina fueron creadas en 1634; la Cátedra de Método de Galeno o Arte Curativo, en 1690, mientras que la Cátedra de Anatomía fue creada en 1711. Los estudios de medicina eran complementados con prácticas llevadas a cabo en los Hospitales Mayores bajo la dirección de un médico titular, de manera que se instauraron Escuelas Públicas de Cirugía y Medicina en dichas instalaciones. Junto a la labor de Hipólito Unanue, la práctica médica fue reforzada en 1792 con la creación del Anfiteatro Anatómico en el Hospital Real de San Andrés y las Conferencias Clínicas impartidas.^[1]​ Precisamente, tras las gestiones de Unanue se creó en 1811 el Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando, institución dependiente directamente del poder real.^[2]​ Con la llegada de la independencia, el Colegio de Medicina adoptó en agosto de 1821 la nueva denominación de Colegio de la Independencia.^[1]​ Luego de la aplicación de reformas durante el segundo periodo de dirección del colegio por parte de Cayetano Heredia, este se transformó en la Facultad de Medicina de la Universidad de San Marcos en el año de 1856 (retornando así a la dependencia universitaria).^[2]​ Iniciada la Guerra del Pacífico, docentes y estudiantes participaron tanto en el servicio médico como en las contiendas militares a través de la Columna Independencia de la Facultad de Medicina.^[3]​ Una vez culminado el conflicto, se fundó la Sociedad Unión Fernandina en 1883, la misma que en diciembre de 1919 dio paso al Centro de Estudiantes de Medicina.^[4]​

La Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos acogió en sus aulas a estudiantes y catedráticos que han destacado como científicos y docentes, entre los que se puede distinguir al médico y precursor de la independencia Hipólito Unanue, quien fue también fundador del Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando; Cayetano Heredia, médico que organizó esta facultad; Daniel Alcides Carrión, estudiante de medicina nombrado «mártir de la medicina peruana» por su inoculación de la verruga peruana para su estudio científico; Laura Rodríguez Dulanto, la primera mujer en ingresar a la Facultad de Medicina y graduarse como médico cirujana en la Universidad de San Marcos; Casimiro Ulloa, médico, docente y político; Pedro Ortiz Cabanillas, médico neurólogo, psicólogo y docente; Hermilio Valdizán, médico y escritor; Alberto Barton, microbiólogo descubridor del agente etiológico de la Enfermedad de Carrión, entre muchos otros.^[5]​^[6]​^[7]​

La Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es, junto con la correspondiente facultad de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, uno de los dos centros de estudios de Ciencias Médicas más reconocidos a nivel nacional. Sus estudiantes de último año de la Escuela Profesional de Medicina han obtenido en numerosas oportunidades el primer puesto en las evaluaciones anuales realizadas por la Asociación de Facultades de Medicina (ASPEFAM).^[8]​^[9]​^[10]​^[11]​^[12]​^[13]​^[14]​ De acuerdo a la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria, su programa de pregrado en Medicina Humana fue el primero a nivel nacional en obtener el licenciamiento por un periodo vigente de diez años.^[15]​